サードパーティ製アプリケーションを更新するカスタムワークフローを構築できますか？

できます。カスタムワークフローの構築に使用できるメカニズムは多数あります。シンプルなリンクやボタンから、複雑なフォームや、サードパーティ製アプリケーションへの書き戻しがあります。

ロジックやワークフローの詳細は、こちらを参照してください。

Yellowfinがサポートしていないユニークなエクスペリエンスを既存のアプリケーションに組み込むことはできますか？

コードモードを使用することで、独自のカスタムインタラクティビティやユーザーエクスペリエンスを、既存のアプリケーションに組み込むことができます。

ユーザーエクスペリエンス構築の詳細は、こちらを参照してください。